Το αίτημα Αναγνώρισης- Πιστοποίησης του Εβραϊκού Μουσείου της Ελλάδας, στην Θεσσαλονίκη, αποδέχθηκε ομόφωνα το Συμβούλιο Μουσείων του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού.
Πρόκειται για το δεύτερο μη κρατικό Μουσείο, έπειτα από το Δημοτικό Μουσείο Καλαβρυτινού Ολοκαυτώματος, το οποίο λαμβάνει το Σήμα Αναγνώρισης από το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού.
Η αξιολόγηση - πιστοποίηση του Εβραϊκού Μουσείου έγινε με βάση τα κριτήρια που έχει θέσει το ΥΠΠΟΑ και αφορά στην επάρκεια των μουσείων σε προσφερόμενες υπηρεσίες στους επισκέπτες, σε προσωπικό, σε κτηριακές υποδομές και, φυσικά, στη διαχείριση των συλλογών τους.
Η διαδικασία της αναγνώρισης αφορά σε όλα τα Μουσεία με τουλάχιστον τριετή λειτουργία, από την ίδρυση τους. Τα Μουσεία προσέρχονται εθελοντικά για να αξιολογηθούν με βάση τις καλύτερες και τις πλέον σύγχρονες πρακτικές στο χώρο της μουσειολογίας. Η διαδικασία δεν έχει χαρακτήρα αδειοδότησης, αλλά βελτίωσης μέσω της αξιολόγησης.
Η ιδέα για τη δημιουργία Εβραϊκού Μουσείου Ελλάδας γεννήθηκε στα τέλη της δεκαετίας του 1970. Το 1977 ιδρύθηκε ένα μικρό Μουσείο που στεγάστηκε σε ένα χώρο δίπλα στη Συναγωγή, της οδού Μελιδώνη. Εκεί συγκεντρώθηκαν τα αντικείμενα που αποτέλεσαν τον πυρήνα της σημερινής συλλογής του.
Ο συνεχής εμπλουτισμός της και η διεύρυνση των δραστηριοτήτων του μουσείου επέβαλαν την αναζήτηση νέου χώρου στέγασής του. Από το 1997 το Μουσείο λειτουργεί στην ιδιόκτητη στέγη του - στην οδό Νίκης 39 - μετά την αποφασιστικής σημασίας οικονομική συμπαράσταση του Υπουργείου Πολιτισμού και του «Συλλόγου των Φίλων του Εβραϊκού Μουσείου».
Οι συλλογές του προήλθαν από την Ισραηλιτική Κοινότητα Αθηνών και από το σύνολο των αντικειμένων (έγγραφα και κοσμήματα) που επιστράφηκαν από τη βουλγαρική κυβέρνηση στους Εβραίους της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης και εμπλουτίζονται με δωρεές και αγορές. Τα αντικείμενα του αφορούν όλες τις εκφάνσεις του ανθρώπινου βίου του εβραϊκού στοιχείου της Ελλάδας.
Το Μουσείο απέκτησε νομική υπόσταση το 1989, και λειτουργεί ως ΝΠΙΔ-Κοινωφελές Ίδρυμα, που διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο.